員工來報銷的機票，有專票、有普票、行程單，這些票據都可以抵扣嗎?實務中要注意哪些問題?

法律依據

根據《財政部 稅務總局 海關總署關于深化增值稅改革有關政策的公告》(財政部 稅務總局 海關總署公告2019年第39號)和《國家稅務總局關于國內旅客運輸服務進項稅抵扣等增值稅征管問題的公告》(國家稅務總局公告2019年第31號)等文件的規定，對于納稅人取得乘坐航空運輸工具取得的報銷憑據需要注意以下6點：

1、只有國內旅客運輸服務才可以抵扣進項稅。國際運輸適用零稅率或免稅，上環節運輸企業提供的國際運輸未繳納增值稅，也就不存在下環節進項抵扣的問題。

2、除增值稅專用發票和電子普通發票外，其他的旅客運輸扣稅憑證，都必須是注明旅客身份信息的票證才可以計算抵扣進項稅，納稅人手寫無效。

3、航空運輸的電子客票行程單上的價款是分項列示的，包括票價、燃油附加費和民航發展基金。因民航發展基金屬于政府性基金，不計入航空企業的銷售收入。因此計算抵扣的基礎是票價加燃油附加費。

4、除扣稅憑證和進項稅計算方法的特殊規定外對于旅客運輸的進項稅抵扣原則，需要符合現行增值稅進項抵扣的基本規定。比如用于免稅、簡易計稅的不得抵扣;用于集體福利、個人消費、非正常損失等情形的不得抵扣等等。

5、根據《國家稅務總局關于國內旅客運輸服務進項稅抵扣等增值稅征管問題的公告》(國家稅務總局公告2019年第31號)第一條規定：“國內旅客運輸服務”，限于與本單位簽訂了勞動合同的員工，以及本單位作為用工單位接受的勞務派遣員工發生的國內旅客運輸服務。

6、納稅人取得旅行社、航空票務代理等票務代理機構依6%稅率開具的代理旅客運輸費用電子普通發票，是購進“現代服務-商務輔助服務”，不屬于購進國內旅客運輸服務，不能作為抵扣憑證。